Институт автоматики и информационных технологий создан в 1960 году. В период становления Института тематика его исследований концентрировалась вокруг таких направлений, как автоматизация процессов управления и информатика; автоматизация гидро­мелиоративных систем; приборостроение; водно-энергетические ресурсы. Кроме того, проводились исследования в области механики сплошной среды. Научное направление «машиностроение», которое существовало в рамках Института в 1970-1989 годах, стало основой для создания Института машиноведения. В последующем направление «водно-энергетические ресурсы» выделилось в самостоятельное научное учреждение – Институт водных проблем и гидро­энергетики.

В настоящее время в структуре Института имеется 6 научно-исследовательских лабораторий, отдел метрологии и стандартизации, один сектор и экспериментально-технологический центр, в которых трудятся более 90 сотрудников, из них 1 академик, 1 член-корреспондент НАН КР, 5 докторов и 12 кандидатов наук.

Кроме того, на базе Института созданы Кыргызская Ассоциация по автоматическому управлению и компьютерным системам. Функционируют аспирантура, соискательство и Диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по 3 специальностям: 05.13.01, 05.13.05 и 05.13.18.

Деятельность Института осуществляется по направлениям – теория, методы, технологии автоматического управления сложными динамическими системами; информационно-измерительные системы для контроля и управления объектами и процессами в различных отраслях экономики; информационно-телекоммуникационные технологии; нетрадиционная и малая энергетика. Исследования Института направлены на реализацию Стратегии развития страны в области энергетики, телекоммуникационных систем, обеспечения экологической устойчивости экономики страны.